Fenerbahçe Spor Kulübü’nün en önemli şubesi futboldur. Fenerbahçe, futbolda 19 kez Süper Lig şampiyonluğuna ulaşırken, 6 kez de Türkiye Kupası’nı kazanmıştır. 1959’dan önceki Türkiye Şampiyonalarında 3, Millî Küme’de ise 6 kez şampiyon olmuş, 16 kez de İstanbul şampiyonluğuna ulaşmıştır.
2007-08 sezonu UEFA Şampiyonlar Ligi’nde çeyrek final oynayarak büyük bir başarıya imza atmıştır. 1966-67 sezonunda ise Balkan Kupası’nda şampiyon olmuştur. Balkan Kupası Fenerbahçe ve Türkiye’nin Avrupa’daki ilk kupası olmuştur.