Fenerbahçe’nin ikinci büyük şubesi basketboldur.
Fenerbahçe Erkek Basketbol Takımı, EuroLeague’in 2015-16 sezonunda finale kalma başarısını ve ardından da 2016-17 sezonunda şampiyon olma başarısını gösterip bunu başaran ilk ve tek Türk takımı olmuştur. Dört kez arka arkaya Final Four (2015, 2016, 2017, 2018) katılımı da Türk basketbolunda rekordur. Fenerbahçe Erkek Basketbol Takımı, maçlarını 13.800 kişilik Ülker Sports Arena’da oynamaktadır.
1955-1959 arasında kesintisiz İstanbul ve Türkiye şampiyonu olan Fenerbahçe Kadın Basketbol Takımı, 1999 yılından itibaren gerek Türkiye Ligi ve Türkiye Kupası’ndaki şampiyonlukları, gerekse Avrupa kupalarında elde ettiği başarıları nedeniyle, 2000’li yıllarda Fenerbahçe Spor Kulübü’nün en istikrarlı takımlarından birisi olmuştur. Fenerbahçe Kadın Basketbol Takımı, maçlarını 2.500 kişilik Metro Enerji Spor Salonu’nda oynamaktadır.